Suatu ketika, ras yang dikenal sebagai Malaikat Bayangan menyerang Bumi untuk memanen kekuatan hidup semua yang mendiami planet ini. Berkat beberapa keajaiban yang keterlaluan, Shadow Angels menjadi tidak aktif, dan umat manusia dapat hidup 12.000 tahun lagi tanpa takut akan kehadiran mereka. Tapi 11 tahun setelah bencana yang dijuluki Kejadian Suci membawa kehancuran ke Bumi, Shadow Angels bangkit dari tidur mereka dan melanjutkan serangan sekali lagi. Untuk memberi manusia sedikit kesempatan, sebuah organisasi yang dikenal sebagai DEAVA dibentuk, dan penggunaan senjata robotik bernama Aquarion telah diizinkan. Agar Aquarion memiliki kekuatan penuh, tiga pilot harus menggabungkan hati, tubuh, dan jiwa mereka menjadi satu — suatu prestasi yang hanya bisa diharapkan oleh beberapa orang. Dengan demikian, pencarian yang disebut ‘Pengguna Elemen’ diprioritaskan, berharap dapat memastikan masa depan umat manusia. Sousei no Aquarion mengikuti kisah Apollo, seorang pemuda yang hampir liar yang dibesarkan dalam kemiskinan, yang diyakini sebagai reinkarnasi pahlawan legendaris. Setelah sahabatnya diambil oleh Shadow Angels, Apollo memilih menjadi pilot Aquarion. Akankah dia bisa membalikkan keadaan perang, dan membebaskan umat manusia dari ancaman Malaikat Bayangan untuk selamanya?

Di kota terpencil Bellforest hidup seorang bocah lelaki berusia 14 tahun bernama Renton Thurston. Dia ingin meninggalkan rumahnya dan bergabung dengan kelompok tentara bayaran yang dikenal sebagai Gekkostate, berharap menemukan beberapa petualangan untuk mencerahkan kehidupan duniawinya. Namun, terjebak di antara desakan kakeknya untuk menjadi mekanik seperti dia dan tekanan warisan ayahnya yang sudah meninggal, satu-satunya kegembiraan yang ditemukan Renton adalah dalam hobi mengendarai partikel gelombang Trapar yang tersebar di udara, suatu kegiatan yang mirip dengan berselancar. Semuanya berubah ketika benda tak dikenal menabrak garasi Renton, ditemukan sebagai Operasi Penemuan Cahaya — robot yang mampu mengendarai gelombang Trapar — secara khusus dikenal sebagai Nirvash typeZERO. Pilotnya adalah seorang gadis muda bernama Eureka, anggota Gekkostate, yang meminta penyesuaian untuk Nirvash. Pertemuan mereka memicu dimulainya keterlibatan Renton dengan Gekkostate saat ia tinggal bersama Eureka sebagai co-pilot Nirvash. [Ditulis oleh MAL Menulis Ulang]

Suatu hari, Manaka Junpei berjalan ke atap sekolahnya dan bertemu dengan seorang gadis cantik yang jatuh dari atasnya dan tanpa sengaja memperlihatkan celana dalam stroberinya. Gadis yang malu melarikan diri sebelum Junpei bisa mengetahui siapa dia. Dia ingin menjadi pembuat film, dan seluruh pengalaman ini sepertinya akan membuat adegan yang sempurna dalam sebuah film. Maka ia melanjutkan pencarian gadis dengan celana stroberi untuk menghidupkan kembali semuanya di film. Tetapi dia akan segera menemukan bahwa menemukan bahwa seorang gadis tidak akan semudah itu … (Sumber: ANN)